办学体制实行政府办学与企业办学并举的方针。随着经济、政治、文化等社会各项事业迅速发展，政府办学力度逐步加大。1996年，全区共有4个办学系统、8个办学单位。根据国家政策，海南区政府从1997年开始，逐步接收所辖地区企业学校和进行调整学校布局工作。至2006年，相继划归海南区政府管理。2003年，学校布局科学合理，每1万人口中有1所中学，每4000人口中有1所小学或教学点，教育网点设置覆盖了全区人口，适龄儿童都可以就近入学。2008年，乌海市提出政府统筹、分层办学、分级管理的原则，海南区人民政府依法对海南地区义务教育、学前教育实施统筹、协调、指导和监督，保证适龄儿童就近按时入学。从2009年开始，结合棚户区搬迁改造工程，海南城区发展趋势和城乡一体化建设等方面的情况，进行了基础教育资源整合。进入“十二五”时期，已形成了从幼儿教育到中学教育，包括民族教育、成人教育、职工教育在内的教育体系。2015年，全区共有义务教育阶段中小学9所，其中，中学1所，九年一贯制学校3所，小学5所。2020年末，全区有幼儿园13所（其中，民办7所），在园幼儿2683人，专任教师226人（其中，民办教师88人）。小学4所，在校学生5475人，专任教师412人，小学适龄儿童入学率100%。初级中学1所，九年一贯制学校3所，在校学生2543人，专任教师234人，初中适龄人口入学率101.2%，小升初升学率96.4%，义务教育普及率100%。